Лаборатория экологии вирусов

Лаборатория экологии вирусов организована в 1956 г.

В лаборатории работает 10 сотрудников, в том числе один доктор наук, два кандидата наук, четыре НС,  один МНС, 2 лаборанта с высшим образованием.

 

СОСТАВ ЛАБОРАТОРИИ

Кыдырманов Айдын Исагалиевич – заведующий лабораторией, доктор ветеринарных наук (специальность 16.00.03 – ветеринарная микробиология, вирусология, эпизоотология, микология с микотоксикологией и иммунология).

Является организатором крупномасштабных полевых и лабораторных экспериментальных исследований по изоляции из природных биоценозов штаммов орто-и парамиксовирусов птиц и млекопитающих, многие из которых депонированы в Национальной коллекции вирусов РК и зарегистрированы в GenBank. Стажировался в крупных зарубежных лабораториях. Специалист по болезням морских млекопитающих, публикации в ведущих вирусологических и экологических журналах. Кыдырмановым А.И. получены данные о циркуляции вирусов гриппа А, морбилливирусов, герпесвируса серотипа 1 в популяции каспийских тюленей.

Основные направления научных интересов связаны с изучением экологии, эволюции и молекулярно-генетической изменчивости вирусов животных; исследованием роли вирусов в инфекционной патологии и расшифровкой причин массовой гибели отдельных представителей фауны в РК.

Кыдырманов А.И. автор 275 научных работ, 28 авторских изобретений и патентов. За последние 5 лет опубликовано 75 работ, в том числе 14 в зарубежных изданиях, индексируемых Web of Science или Scopus, получено 8 патентов.

Индекс Хирша 10 (https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=6507024441)

ORCID https://orcid.org/0000-0002-8374-6128

 

Карамендин Кобей Омертаевич – главный научный сотрудник, кандидат ветеринарных наук.

Основные направления научных исследований: экология, эволюция, диагностика вирусов человека, птиц и млекопитающих. Опубликованы работы по массовому параллельному секвенированию геномов вирусов различных семейств. Участие в расшифровке массовой гибели сайги в Казахстане с применением массового параллельного секвенирования бактериального и вирусного метагенома сайги. Основные достижения: в различных экосистемах РК от птиц, человека и животных изолировал оригинальные штаммы вирусов разных семейств, изучил особенности их распространения и основные генетические характеристики. Изучал бактериальные и вирусные метагеномы, верблюдов, морских млекопитающих, перелетных птиц и сайги. С участием Сасана Ферейдоуни и Айдына Кыдырманова выявлена причина массовой гибели сайги в Казахстане. Вместе с Кыдырмановым А. из лаборатории установил причины гибели верблюдов на западе Казахстана от оспы верблюдов и клостридиоза. Впервые идентифицировал новые, ранее неизвестные для науки авулавирусы птиц серотипов APMV-13, APMV-16, APMV-20  и новый аденовирус чаек.

Карамендин К.О., автор 142 научной работы, за последние 5 лет им опубликовано 74 работ, в том числе 13 в зарубежных изданиях, индексируемых Web of Science или Scopus, Получено 8 патентов.

Индекс Хирша 6 (https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=6505628190)

ORCID https://orcid.org/0000-0003-0829-3330

 

Даулбаева Клара Дакишевна –  старший научный сотрудник, кандидат биологических наук

Продолжительное время занимается проблемами вирусов диких птиц и животных,  выделила оригинальные штаммы вирусов гриппа, парамиксовирусов и других семейств, участвовала в формировании коллекции вирусов млекопитающих животных и птиц Казахстана.

Индекс Хирша 3.  ORCID https://orcid.org/0000-0001-5618-3385   

 

Касымбеков Ермухаммет Торебекович – научный сотрудник, окончил PhD-докторантуру по специальности «Ветеринарная медицина».

Специалист по криоконсервации. Специализируется по скринингу и секвенированию генов вирусов. Принимал участие в выполнении фундаментальных и прикладных научных проектов в области мониторинга и эволюционной изменчивости орто- и парамиксовирусов диких и домашних птиц, владеет современными вирусологическими, серологическими, молекулярно-биологическими и иммунологическими методами исследования.

Индекс Хирша 3 (https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=57193008573)

ORCID https://orcid.org/0000-0002-8773-4984

 

Хан Елизавета Яковлевна – научный сотрудник, окончила PhD-докторантуру по специальности «Ветеринарная медицина».

Специалист в области клеточной биотехнологии и вирусологии. Поддерживает банк клеточных культур. Занимается проблемами вирусов лошадей в Казахстане,  выделила оригинальные штаммы вирусов гриппа от лошадей, участвовала в формировании коллекции вирусов млекопитающих животных и птиц Казахстана.

Индекс Хирша 2 ORCID https://orcid.org/0000-0002-6279-3419     

 

Сейдалина Айгерим Бекбулатовна – научный сотрудник

Стажировалась в ведущих зарубежных лабораториях. Специалист по молекулярной биологии. Направление деятельности - выделение оригинальных штаммов вирусов человека и животных.

Индекс Хирша 3. ORCID https://orcid.org/0000-0002-7259-5539

 

Сулейменова Сымбат Амангельдыевна – научный сотрудник

Имеет 8-летний стаж научной работы, 36 научных трудов, 3 патента. Специализируется на проведении скрининга биопроб на наличие вирусов, выполняет гистологическую обработку секционных материалов.

 

Есентуреева Меруерт Оналбаевна – младший научный сотрудник, магистр ветеринарной медицины

Специализируется по клеточной биотехнологии.

 

Сабыржан Темірлан Берікұлы – лаборант.

Специализируется по биоинформационному анализу и визуализации массива секвенированных данных.

 

ДОСТИЖЕНИЯ

• От диких птиц водного и околоводного комплексов выделены и генетически охарактеризованы изоляты вируса гриппа А подтипов H1,H3, H4, H5, H9, H10, H11, H13, H16. Результаты опубликованы в ведущих международных и местных вирусологических журналах.
• От диких птиц в РК впервые изолированы штаммы парамиксовирусов  птиц серотипов APMV-1, APMV-4, APMV-6, APMV-8 и идентифицированы новые, ранее неизвестные для науки ПМВ птиц серотипов APMV-13, APMV-16 и APMV-20;
• При активном сотрудничестве с ведущими исследователями Нидерландов, Великобритании установлена морбилливирусная этиология гибели каспийских тюленей весной 2000 г.;
• Изучена эволюция морбилливируса у каспийских тюленей в 2000 г. Показана принадлежность эпизоотических штаммов морбилливирусов каспийских тюленей к отдельному кластеру исходящому от монофилетической группы американских штаммов, которые отделялись от остальных групп приблизительно в 1832 г;
• В 2011-2015 гг. с помощью массового параллельного секвенирования подтверждена причина массовой гибели сайгаков от бактериальной инфекции;
• Проведен вирусологический и молекулярно-генетический анализ биопроб от 16 видов рыб водоемов Казахстана на наличие у них вирусных патогенов (2013-2015 гг.), входящим в список болезней Международного эпизоотического бюро для водных животных. Показана возможность циркуляции возбудителя вирусной геморрагической септицемии в популяциях диких рыб Республики;
• Описан и генетический охарактеризован новый вид аденовирусов поражающих чайковых птиц на Северном Каспии.

 

НАПРАВЛЕНИЯ ИССЛЕДОВАНИЙ

• Сбор полевого материала от широкого спектра биологических видов в различных природных биоценозах РК для характеристики молекулярную экологию и эволюцию вирусов позвоночных;
• Идентификация и изоляция вирусов различных семейств, в том числе новых для науки;
• Обнаружение некультивируемых и труднодиагностируемых вирусных патогенов, в том числе с неизвестными геномами с применением высокопроизводительного метода секвенирования и виромных технологий;
• Изучение роли вирусов в инфекционной патологии животных и человека, а также разработка препаратов для молекулярной диагностики возбудителей;
• Изучение экологии и эволюции орто- и парамиксовирусов диких, домашних птиц, млекопитающих животных;
• Мониторинговые исследования вирусных метапопуляций каспийских тюленей;
• Изучение общей и инфекционной патологии каспийского тюленя.
• Поддержание, пополнение и изучение коллекции казахстанских изолятов орто- и парамиксовирусов

 

ПРОЕКТЫ

• Гепатит Е среди домашних и диких птиц в Казахстане: молекулярная эпидемиология возбудителя
• Метагеномный мониторинг возбудителей вирусных и бактериальных инфекций верблюдов Казахстана
• Исследование вирусной метапопуляций каспийского тюленя для раннего обнаружения возбудителей новых и возвращающихся инфекций
• Молекулярная эволюция и экология вирусов гриппа А, циркулирующих среди диких птиц в Казахстане и выявление нового подтипа

УСЛУГИ

• Диагностика вирусных инфекций птиц, млекопитающих животных, рыб и ракообразных;
• Патоморфологические, цитологические и гистологические исследования материалов от павших животных и птиц, рыб;
• Вирусологические исследования поголовья сельскохозяйственных животных и птиц в целях определения эффективности вакцинопрофилактики против наиболее актуальных вирусных заболеваний;
• Молекулярно-генетические  исследования и филогенез вирусов;
• Секвенирование генов с помощью капиллярных систем по Сенгеру;
• Получение библиотек для секвенирования нового поколения Illumina;
• Массовое параллельное секвенирование по технологии Illumina;
• 16S секвенирование для определения бактериального метагенома;
• Биоинформационный анализ данных секвенирования нового поколения в программе Geneious;
• ДНК идентификация вида птиц из образцов крови, тканей, перьев, помета при расследовании авиационных происшествий с участием птиц.

 

СПИСОК ОСНОВНЫХ ПУБЛИКАЦИЙ ЗА ПОСЛЕДНИЕ 5 ЛЕТ

1. Karamendin K., Kydyrmanov A., Zhumatov K., Asanova S., Ishmukhametova N., Sayatov M. Phylogenetic analysis of avian influenza viruses of H11 subtype isolated in Kazakhstan // Virus Genes. 2011; 43(1):46-54. Epub 2011 Apr 2. DOI : 10.1007/s11262-011-0603-y
2. Dmitrieva L, Kondakov AA, Oleynikov E, Kydyrmanov A, Karamendin K, et al. (2013) Assessment of Caspian Seal By-Catch in an Illegal Fishery Using an Interview-Based Approach. PLoS ONE 8(6): e67074. doi:10.1371/journal.pone.0067074
3. Karamendin K, Kydyrmanov A, Kasymbekov Y, Khan E, Daulbayeva K, Asanova S, Zhumatov K, Seidalina A, Sayatov M, Fereidouni SR. Continuing evolution of equine influenza virus in Central Asia, 2007-2012 // Arch Virol. 2014 Sep;159(9):2321-7. doi: 10.1007/s00705-014-2078-3. Epub 2014 Apr 20.
4. Karamendin K., Kydyrmanov A., Seidalina A., Asanova S., Daulbayeva K., Kasymbekov Y., Khan E., Fereidouni S., Starick E., Zhumatov K., Sayatov M. Circulation of avian paramyxoviruses in wild birds of Kazakhstan in 2002-2013. // Virology Journal, 2016 Feb 4;13(1):23. doi: 10.1186/s12985-016-0476-8.
5. Karamendin, K.; Kydyrmanov, A.; Sayatov, M.; Strochkov, V.; Sandybayev, N.; Sultankulova, K. Retrospective Analysis of the Equine Influenza Virus A/Equine/Kirgizia/26/1974 (H7N7) Isolated in Central Asia. Pathogens 2016, 5, 55. doi:10.3390/pathogens5030055
6. Kydyrmanov, A., Sayatov, M., Karamendin, K. Zhumatov K., Asanova S., Daulbayeva K., Starick E., Fereidouni S. Monitoring of influenza A viruses in wild bird populations in Kazakhstan in 2002-2009. Arch Virol. 2017 Jan; 162(1):147-155. doi: 10.1007/s00705-016-3076-4. Epub 2016 Oct 1
7. Karamendin K, Kydyrmanov A, Kasymbekov Y, Asanova S, Daulbayeva K, Seidalina A, et al. (2017) Novel avian paramyxovirus isolated from gulls in Caspian seashore in Kazakhstan. PLoS ONE 12(12): e0190339. https://doi.org/10.1371/journal. pone.0190339
8. Fereidouni S, Jenckel M, Seidalina A, Karamendin K, Beer M, Starick E, Asanova S, Kasymbekov E, Sayatov M, Kydyrmanov A. Next-generation sequencing of five new avian paramyxoviruses 8 isolates from Kazakhstan indicates a low genetic evolution rate over four decades // Archives of Virology, 2018 Feb;163(2):331-336. doi: 10.1007/s00705-017-3593-9. Epub 2017 Oct 22.
9. Fereidouni S, Freimanis GL, Orynbayev M, Ribeca P, Flannery J, King DP, Zuther S, Beer M, Höper D, Kydyrmanov A, Karamendin K, Kock R. Mass die-off of saiga antelopes, Kazakhstan, 2015. Emerg Infect Dis. 2019. Vol. 25, No.6, June. P.1169-1176/ https://doi.org/10.3201/eid2506.180990
10. Jo WK, Peters M, Kydyrmanov A, van de Bildt MWG, Kuiken T, Osterhaus A, Ludlow M. The Canine Morbillivirus Strain Associated with An Epizootic in Caspian Seals Provides New Insights into the Evolutionary History of this Virus. Viruses 2019, 11(10), 894; https://doi.org/10.3390/v11100894
11. Karamendin K, Kydyrmanov A, Kasymbekov Ye, Khan E, Daulbayeva K, and Sayatov M. Cormorants As Potential Victims And Reservoirs Of Velogenic Newcastle Disease Virus (Orthoavulavirus-1) In Central Asia // Avian Diseases  2019 Dec;63(4):599-605. doi: 10.1637/aviandiseases-D-19-00092.
12. Karamendin K., Kydyrmanov A., Kasymbekov Ye., Seidalina A., Daulbayeva K., Sayatov M.,  Fereidouni S. Evolution of avian orthoavulavirus 16 in wild avifauna of Central Asia // Heliyon 6 (2020), https://doi.org/10.1016/J.HELIYON.2019.E03099
13. Karamendin K., Kydyrmanov A., Fereidouni S. High mortality in terns and gulls associated with infection with the novel gull adenovirus. Journal of Wildlife Diseases, Vol. 57, No. 3, July 2021 , pp. 662–666 https://doi.org/10.7589/JWD-D-20-00156
14. Karamendin K and Kydyrmanov A (2021) Cormorants as a Potentially Important Reservoir and Carrier of Newcastle Disease Virus on the Asian Continent. Front. Vet. Sci. 8:648091. doi: 10.3389/fvets.2021.648091

 

ПАТЕНТЫ

1. Патент на изобретения № 32593. «Штамм парамиксовируса серотипа-8/лебедь-кликун/СКО/5767/2013, используемый для приготовления диагностических препаратов». Заявка № 2016/0602.1 от 07.07.2016 Авторы: Кыдырманов А.И., Саятов М.Х. Карамендин К.О., Даулбаева К.Д., Асанова С.Е., Сейдалина А.Б., Хан Е.Я., Касымбеков Е.Т., Жуматов К.Х., Сулейменова С.А. КазПатент.
2. Патент №33924 (Заявка №2018/0393.1. от 11.06.2018) «Штамм вируса гриппа А/лошадь/ЮКО/236/2012 (Н3N8), используемый для приготовления диагностических препаратов» / Хан Е.Я., Карамендин К.О., Кыдырманов А.И., Касымбеков Е.Т., Даулбаева К.Д., Асанова С.Е., Жуматов К.Х., Саятов М.Х. КазПатент. опубл. 27.09.2019. Оф.бюлл. "Промышленная собственность", 2019. №39.
3. Патент №33988 (Заявка №2018/0517.1. от 24.07.2018) «Штамм ПМВ-13/белолобый гусь/СКО/5751/13, используемый для приготовления диагностических препаратов» / Сейдалина А.Б., Карамендин К.О., Кыдырманов А.И., Асанова С.Е., Касымбеков Е.Т., Хан Е.Я., Даулбаева К.Д., Сулейменова С.А., Жуматов К.Х., Саятов М.Х. / опубл. 01.11.2019. Оф.бюлл. "Промышленная собственность". 2019. №44
4. Патент №34216 «Референсный штамм парамиксовируса птиц ПМВ 20/чайка/Актау/5976/2014, используемый для приготовления диагностических препаратов» / Кыдырманов А.И., Карамендин К.О., Касымбеков Е.Т., Даулбаева К.Д., Асанова С.Е., Хан Е.Я., Сейдалина С.Б., Сулейменова С.А., Саятов М.Х. КазПатент. опубл. 22.05.2020, Оф. бюлл. "Промышленная собственность"№20.
5. Патент №34250 (Заявка № 2018/0697.1 от 05.10.2018) «Штамм вируса гриппа птиц А/фламинго/Мангистау/6570/2015 (H5N1), используемый для приготовления диагностических препаратов / Кыдырманов А.И., Карамендин К.О., Саятов М.Х., Касымбеков Е.Т., Даулбаева К.Д., Асанова С.Е., Хан Е.Я., Сейдалина А.Б., Жуматов К.Х., Сулейменова С.А. КазПатент. опубл. 10.04.2020, Оф. бюлл. "Промышленная собственность"№14.
6. Патент на изобретение №35060 (Заявка №2019/0841.1, 18.11.2019) Кыдырманов А.И., Карамендин К.О., Даулбаева К.Д., Асанова С.Е., Саятов М.Х. «Штамм парамиксовируса птиц АРМV-16/white-fronted goose/Central Kazakhstan/1791/2006, используемый для приготовления диагностических препаратов» C12N 7/00 (2006.01);A61K 39/155 (2006.01) // Патент РК №35060. 2021. Оф. бюлл. "Промышленная собственность" №19. опубл. 14.05.2021 /