AP09258993 Молекулярная эволюция и экология вирусов гриппа А, циркулирующих среди диких птиц в Казахстане и выявление нового подтипа
Дата публикации: 08.09.2021 08:58
Текущая ситуация. Несмотря на успехи, достигнутые при изучении структуры вируса гриппа, его генетической изменчивости, способов экспрессии и репликации генов и взаимодействия с иммунной системой хозяина, многие вопросы эволюции вируса гриппа, включая механизмы возникновения и персистенции эпидемических и эпизоотических вариантов вирусов, остаются нерешенными. Для их раскрытия необходимы сравнительные вирусологические и молекулярно-биологические исследования изолятов вируса гриппа А, циркулирующих среди диких птиц в различных регионах мира.
Имеющаяся проблема. Существует потребность в сборе биологических материалов от диких птиц в главных миграционных руслах и различных экосистемах Казахстана, молекулярном скрининге и выделении штаммов вирусов гриппа А, полногеномном севенировании, а также «метагеномном секвенировании» путем создания библиотеки генома образцов, анализа молекулярных маркеров, определяющих круг хозяев, изучения вариации разнообразия нуклеотидных последовательностей внутренних генов изолятов, их степени реассортации и межвидовой передачи.
Одним из важных предпосылок к разработке проекта послужили конкретные данные о циркуляции ранее не идентифицированного, нового для науки подтипа вируса гриппа А в орнитофауне РК, а также новых актуальных и адаптированных к млекопитающим животным патогенных и реассортантных вариантов, представляющих эпидемическую и эпизоотическую значимость.
Конечные результаты:
- за 2021 год: Будут выделены новые изоляты вирусов гриппа А из биопроб и ГАА, хранящихся в лаборатории, и определены их антигенные формулы; Будет принято участие в научной конференции.
- за 2022 год: Методом секвенирования будут расшифрованы нуклеотидный состав геномов вирусов гриппа А, установлена их таксономическая принадлежность, и рассчитаны аминокислотные последовательности кодируемых ими белков;
- за 2023 год: Будут установлены генетическое разнообразие, степень реассортации и межвидовой передачи во внутренних генных сегментах, связанных с разными видами хозяев и подтипами НА казахстанских изолятов вируса гриппа птиц. В соответствии с целью и задачами проекта будут опубликованы не менее 3 (трех) статей и (или) обзоров в рецензируемых научных изданиях, индексируемых в Science Citation Index Expanded базы Web of Science и (или) имеющих процентиль по CiteScore в базе Scopus не менее 35 (тридцати пяти); либо не менее 2 (двух) статей и (или) обзоров в рецензируемых научных изданиях, индексируемых в Science Citation Index Expanded базы Web of Science и (или) имеющих процентиль по CiteScore в базе Scopus не менее 35 (тридцати пяти), и не менее 1 (одного) патента, включенного в базу данных Derwent Innovations Index (Web of Science, Clarivate Analytics), а также не менее 1 (одной) статьи или обзора в рецензируемом зарубежном или отечественном издании, рекомендованном КОКСОН, либо не менее 2 (двух) статей и (или) обзоров в рецензируемых научных изданиях, входящих в 1 (первый) и (или) 2 (второй) квартили в базе Web of Science и (или) имеющих процентиль по CiteScore в базе Scopus не менее 65 (шестидесяти пяти); либо не менее 1 (одной) статьи или обзора в рецензируемом научном издании, входящем в 1 (первый) квартиль в базе Web of Science и (или) имеющем процентиль по CiteScore в базе Scopus не менее 80 (восьмидесяти).
Описание прямых результатов. Будет установлен степень распространенности различных подтипов вирусов гриппа А среди восприимчивых видов диких птиц; Будет описан новый для мировой науки подтип НА вируса гриппа А и разработаны средства для их идентификации в ПЦР; Будут определены аминокислотные последовательности рецептор-связывающего и протеолитического сайтов НА и изучена структура белка РВ2 на наличие молекулярных детерминант определяющих круг хозяев; Будут установлены генетическое разнообразие, степень реассортации и межвидовой передачи во внутренних генных сегментах казахстанских изолятов вируса гриппа птиц, связанных с разными видами хозяев и подтипами НА; Будут построены эволюционные древа и определен филогенез казахстанских вирусов гриппа птиц; Будет охарактеризована широта происхождения источников генного пула вируса гриппа птиц в географической точке сбора материала; В международных базах данных будут депонированы нуклеотидные последовательности генов новых вариантов вируса гриппа птиц; Будут отобраны оптимальные штаммы вируса грипп птиц для разработки и производства вакцинных и диагностических препаратов.
Руководитель проекта - Кыдырманов Айдын Исагалиевич, доктор ветеринарных наук, Researcher ID: P-8825-2019; Scopus author ID: 6507024441, https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=6507024441
Исполнители:
Карамендин Кобей Омертаевич – кандидат ветеринарных наук,
Scopus author ID: 6505628190, https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=6505628190
Касымбеков Ермухаммет Торебекович, магистр ветеринарии, Scopus author ID: 57193008573, https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=57193008573
Сулейменова Сымбат Амангельдыевна, ORCID 0000-0003-4107-0681
Сабыржан Темірлан Берікұлы, магистрант
Имеющаяся проблема. Существует потребность в сборе биологических материалов от диких птиц в главных миграционных руслах и различных экосистемах Казахстана, молекулярном скрининге и выделении штаммов вирусов гриппа А, полногеномном севенировании, а также «метагеномном секвенировании» путем создания библиотеки генома образцов, анализа молекулярных маркеров, определяющих круг хозяев, изучения вариации разнообразия нуклеотидных последовательностей внутренних генов изолятов, их степени реассортации и межвидовой передачи.
Одним из важных предпосылок к разработке проекта послужили конкретные данные о циркуляции ранее не идентифицированного, нового для науки подтипа вируса гриппа А в орнитофауне РК, а также новых актуальных и адаптированных к млекопитающим животным патогенных и реассортантных вариантов, представляющих эпидемическую и эпизоотическую значимость.
Конечные результаты:
- за 2021 год: Будут выделены новые изоляты вирусов гриппа А из биопроб и ГАА, хранящихся в лаборатории, и определены их антигенные формулы; Будет принято участие в научной конференции.
- за 2022 год: Методом секвенирования будут расшифрованы нуклеотидный состав геномов вирусов гриппа А, установлена их таксономическая принадлежность, и рассчитаны аминокислотные последовательности кодируемых ими белков;
- за 2023 год: Будут установлены генетическое разнообразие, степень реассортации и межвидовой передачи во внутренних генных сегментах, связанных с разными видами хозяев и подтипами НА казахстанских изолятов вируса гриппа птиц. В соответствии с целью и задачами проекта будут опубликованы не менее 3 (трех) статей и (или) обзоров в рецензируемых научных изданиях, индексируемых в Science Citation Index Expanded базы Web of Science и (или) имеющих процентиль по CiteScore в базе Scopus не менее 35 (тридцати пяти); либо не менее 2 (двух) статей и (или) обзоров в рецензируемых научных изданиях, индексируемых в Science Citation Index Expanded базы Web of Science и (или) имеющих процентиль по CiteScore в базе Scopus не менее 35 (тридцати пяти), и не менее 1 (одного) патента, включенного в базу данных Derwent Innovations Index (Web of Science, Clarivate Analytics), а также не менее 1 (одной) статьи или обзора в рецензируемом зарубежном или отечественном издании, рекомендованном КОКСОН, либо не менее 2 (двух) статей и (или) обзоров в рецензируемых научных изданиях, входящих в 1 (первый) и (или) 2 (второй) квартили в базе Web of Science и (или) имеющих процентиль по CiteScore в базе Scopus не менее 65 (шестидесяти пяти); либо не менее 1 (одной) статьи или обзора в рецензируемом научном издании, входящем в 1 (первый) квартиль в базе Web of Science и (или) имеющем процентиль по CiteScore в базе Scopus не менее 80 (восьмидесяти).
Описание прямых результатов. Будет установлен степень распространенности различных подтипов вирусов гриппа А среди восприимчивых видов диких птиц; Будет описан новый для мировой науки подтип НА вируса гриппа А и разработаны средства для их идентификации в ПЦР; Будут определены аминокислотные последовательности рецептор-связывающего и протеолитического сайтов НА и изучена структура белка РВ2 на наличие молекулярных детерминант определяющих круг хозяев; Будут установлены генетическое разнообразие, степень реассортации и межвидовой передачи во внутренних генных сегментах казахстанских изолятов вируса гриппа птиц, связанных с разными видами хозяев и подтипами НА; Будут построены эволюционные древа и определен филогенез казахстанских вирусов гриппа птиц; Будет охарактеризована широта происхождения источников генного пула вируса гриппа птиц в географической точке сбора материала; В международных базах данных будут депонированы нуклеотидные последовательности генов новых вариантов вируса гриппа птиц; Будут отобраны оптимальные штаммы вируса грипп птиц для разработки и производства вакцинных и диагностических препаратов.
Руководитель проекта - Кыдырманов Айдын Исагалиевич, доктор ветеринарных наук, Researcher ID: P-8825-2019; Scopus author ID: 6507024441, https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=6507024441
Исполнители:
Карамендин Кобей Омертаевич – кандидат ветеринарных наук,
Scopus author ID: 6505628190, https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=6505628190
Касымбеков Ермухаммет Торебекович, магистр ветеринарии, Scopus author ID: 57193008573, https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=57193008573
Сулейменова Сымбат Амангельдыевна, ORCID 0000-0003-4107-0681
Сабыржан Темірлан Берікұлы, магистрант
