Орталықтың миссиясы – озық ғылыми зерттеулер жүргізу, заманауи биологиялық препараттарды әзірлеу, өндіру және оларды нарыққа шығару. Біз инновациялық технологияларды енгізуге, отандық биологиялық өнімдердің жоғары сапасы мен тиімділігін қамтамасыз етуге, биотехнология ғылымының, денсаулық сақтау мен ауыл шаруашылығының дамуына ықпал етуге, сондай-ақ еліміздің әлеуметтік-экономикалық дамуы мен ұлттық экономиканың тұрақты өсуіне үлес қосуға ұмтыламыз.

Орталық қызметінің негізгі бағыты микробиология және вирусология салаларында іргелі және қолданбалы ғылыми зерттеулер жүргізу, медицинаға, ауыл шаруашылығына, тамақ өнеркәсібіне және қоршаған ортаны қорғауға арналған микробтық және вирустық препараттарды әзірлеу және оларды өндіріске енгізу, сондай-ақ микробиология және вирусология салалары үшін жоғары білікті ғылыми кадрларды даярлау болып табылады.

Орталық қызметінің негізгі стратегиялық бағыты – денсаулық сақтау, ауыл шаруашылығы, экология және биологиялық қауіпсіздікті қамтамасыз ету салаларындағы өзекті мәселелерді шешуге бағытталған микробиология, вирусология және биотехнология салаларындағы озық ғылыми зерттеулерді дамыту болып табылады.

Орталықтың ғылыми қызметінің негізгі бағыттары:
·      металдардың микробиологиялық трансформациясы механизмдерін зерттеу және микроорганизмдерді пайдалана отырып, ауыр металдардан тазарту технологияларын әзірлеу;
·      су айдындарын, топырақты және өнеркәсіптік ағынды суларды мұнаймен ластанудан микробиологиялық тазартуға арналған технологиялар мен бактериялық препараттарды әзірлеу;
·      өсімдіктерді микробиологиялық қорғау құралдарын әзірлеу;
·      адамдар мен ауыл шаруашылығы жануарларындағы ішек инфекциялары мен дисбиоздың алдын алу және емдеуге арналған пробиотикалық препараттарды әзірлеу;
·      жаңа антибиотиктерді іздестіру және зерттеу, белгілі антибиотиктер продуценттерінің белсенділігін арттыру;
·      өнеркәсіптік маңызы бар микроорганизмдер штамдарын ұзақ мерзім сақтаудың ғылыми негіздерін зерттеу, биологиялық белсенді заттардың белсенділігін арттыру, микроорганизмдер коллекциясының қорын сақтау және толықтыру;
·      Қазақстан Республикасы аумағында адам, жануарлар және құстар тұмауы вирустарының, парамиксовирустар мен коронавирустардың айналым ерекшеліктерін зерттеу;
·      адамнан, жануарлардан және құстардан тұмау вирустарын, парамиксовирустар мен коронавирустарды бөліп алу, оларға вирусологиялық, молекулалық және филогенетикалық талдау жүргізу, вирустардың жануарлар мен құстардан адамға берілу механизмдерін зерттеу, сондай-ақ эпидемиялық маңызы бар жаңа вирустық штамдардың пайда болу мүмкіндігін бағалау;
·      вирустық инфекцияларды иммунологиялық және молекулалық диагностикалау әдістерін жетілдіру, вирустық инфекцияларды жедел анықтауға арналған жетілдірілген тест-жүйелерді әзірлеу;
·      вирустардың және олардың құрылымдық компоненттерінің жасушалық құрылымдар мен ағзаларға патогендік әсер ету механизмдерін зерттеу;
·      молекулалық технологиялар мен нанотехнологияларды пайдалана отырып, жаңа буын вирусқа қарсы вакциналарды әзірлеу;
·      вирусқа қарсы вакциналардың тиімділігін арттыруға арналған жаңа иммундық жүйені ынталандыратын препараттар мен адъюванттарды әзірлеу;
·      вирустық инфекциялардың алдын алу және емдеуге арналған өсімдік және микробтық текті жаңа вирусқа қарсы емдік және профилактикалық препараттарды әзірлеу.